Hijo de Giovanni deggli Antonii, un trombonista de la basílica de San Petronio y hermano mayor del músico Pietro degli Antonii, recibió su formación musical de su padre y posiblemente de Giacomo Maria Predieri (1611-1695). Tuvo un primer trabajo como trombonista en el Concerto Palatino, desde 1630, come supernumerario, y desde 1642, como ordinario, hasta 1675, cuando cedió el puesto a su hijo. Al mismo tiempo, desde 1654, fue brevemente miembro de la Capella musicale en San Petronio, entonces dirigida por el Kapellmeister  Maurizio Cazzati, pero fue despedido en diciembre de 1657 después de una reestructuración por parte de Cazzati. En 1684 fue admitido en la Accademia Filarmónica de Bolonia. De 1687 a 1698 fue organista de la Basílica de San Giacomo Maggiore.

Edición discográfica de obras de Giovanni Battista degli Antonii

Sus colecciones, que aparecieron impresas a partir de 1687, contenían exclusivamente música instrumental, principalmente para violín y violonchelo. Además, aparecieron dos colecciones de versetti para órgano en  1687 y 1696 (esta última dedicada al organista y didacta Giuseppe Mariani). Durante casi cien años, a sus "Doce Ricercari Op. 12" se les atribuye una importancia revolucionaria para la literatura del violonchelo y, junto con las obras de Domenico Gabrielli, se consideran los primeros ejemplos del desarrollo de un repertorio para violonchelo solo. Sin embargo, a finales del siglo XX el manuscrito fue encontrado en la Biblioteca Estense de Módena, "Ricercate per il violino", que pronto resultó ser la parte superior de las supuestas obras solistas de violoncello, ya que estas estaban disponibles en la misma copia. 

No se ha conservado una versión impresa de estas obras para violín y sigue siendo extraño que la parte del violonchelo se declarara en la impresión como 'Ricercate sopra il violoncello'. A pesar de que esto ha respondido a la pregunta de algunos violonchelistas de si algunos de los Ricercari pueden ser obras solistas por naturaleza, otros también pueden tocarse muy bien como una pieza solista para un instrumento bajo. Falleció a los 72 años de edad. Su Ricercate Op 1 es un caso temprano importante de música para violoncelo solo, precursor de las suites solistas de Johann Sebastian Bach.; en publicaciones posteriores contribuyó al repertorio boloñés con sonatas solas y para trío.

Las colecciones de verset para órgano Op 2 y 7 son las publicaciones más grandes de su tipo de la segunda mitad del siglo XVII. Puesto que estos ciclos están etiquetados y ordenados según los tuoni ecclesiastici (y en el caso del Op 2 también sus transposiciones más comúnes), ellos dan luz sobre las convenciones modales y litúrgicas italianas en el medio Barroco.